imagej统计细胞个数（手把手教你用Imaris 计算细胞面积）

本文目录

• 手把手教你用Imaris 计算细胞面积
• ImageJ——共标细胞计数
• image j怎样计数transwell细胞数

手把手教你用Imaris 计算细胞面积

收了这份AI 科研插图教程，你就是CNS 级的配图大师了写文章吐槽自己的博士生活，都能发Science？我好酸呀…某「知名国际期刊」：受精卵或非生命起点。这结论是认真的吗…这项诺贝尔奖技术，成功应用于治脱发，被评为可彻底改变头发再生的重大突破

老话重提，统计图，和科研领域里的大多数图像数据伴生，是一种大家喜闻乐见的，直观表现数据结果的形式。只要是个图如果没有伴随统计，reviewers总会叨叨「请给出统计结果」。加上统计数据的文章看起来的确更具说服力呢！之前我们推出的第一个教程《手把手教你用软件便捷地数细胞》，既教你认识这个软件Imaris，又教你怎么数密密麻麻的细胞，区分不同的marker阳性的细胞以及计数它们。

那么问题来了，如果有人并不关心细胞数量，而关心细胞的面积，那该如何是好呢？

一般在研究衡历竖细胞生长时候非常实用，如评估同等量细胞的生长速度，通过比较体外培养细胞的汇合率来得到初步结论；或研究不同类型细胞的表面积，给细胞分型。举个例子（为了保护自己的数据隐私，我只是随便拿个废弃的不怎好看的图来演示如何使用软件）

1.打开软件Imaris，打开图片，在工具栏点击「surface」按钮（红色箭头所示），即可出现如蓝框所示的Surface 1。

2. 让大家看一眼原始的图片，并明确下此行目的：将当前界面红色阳性的区域的表面积计算出来（你也可以计算明场细胞的面积，细胞核的面积等等）。

3.点击左下方「Next」朝右的箭头（红色箭头所示），此处先不要点击橘黄色箭头所示的方框，自动完成的surface可能不那么准确，但是如果你只是大略看看面积，建议使用automatic creation，一步到位。

4. 之后界面变成2/4 Algorithm，此时可以调节的界面有Smooth.

5.接着点击「Next」的蓝色箭头，系统开始创建surface，界面转换为下面的样子。之前红色信号阳性的区域被灰色的实心区域覆盖。

通过调节红色方框highlight 的浅黄色矩形的面积可以让surface 被创建的更密集or 稀疏（调大黄 *** 域，更密集；反之更稀疏）。

6. 当发现自动调节的阈值覆盖了更多的区域——如靠上面的面积非常小的红色信号区域也被灰色的surface 覆盖了，但是这些显然并不是细胞，那么我们就往右拖动浅黄 *** 域，得到如下的图。

7.点击「Next」，得到如烂悉下被加工好的图。系统将灰色变成了白色，通过视觉变化决定是否对图进行调整，此时可以回到4个进程的任何一步再进行修缮，确定没有修改之处后再进行下一步来最终确认所有的操作。

8.点击「完成」按钮（红色箭头所示），此时开弓没有回头箭了，且我们也将要得到我们想要的分析结果。

9. 完成（此时建立的surface 变成通道颜色-红色。并且与之前的信号叠加起来。可以点击勾掉通道萤光，只留下surface，观察一下是否合意）。

10. 如下是仅有surface 的界面（和原始图片比较一下，更好看了呢）。

11. 在（红色矩形标记的）数据曲线处的detailed 栏目里可以找到图中所有（specific values）的surface 的面积（Area）数据。

12. 将这些数据复制或者输出（点击下方的保存按钮）到excel 里。进行统计分析。针对体外培养的细胞，有时咐大会有一些杂质，此时可以在excel里将不是细胞大小的全部去掉即得到了所有surface的面积信息。

当然关于surface 的萤光强度、位置等信息也可以一并在Imaris 软件中的Detailed 栏目的下拉框中选择并保存获取。

13. 如果是体外培养细胞分析汇合率，则从拍摄软件中可以获取整个图片区域的面积（或者从Imaris 里获取，如下图，获得XY 轴的最大量程计算表面积），并用总的细胞面积除以区域总面积获得汇合率。

今天的分享结束啦，敬请期待后续的系列教程哦~

封面来源：站酷海洛Plus 图片来源：作者提供 照片由Chokniti Khongchum从Pexels

ImageJ——共标细胞计数

参考这篇 基本操作都差不多~
工改茄具：Fiji（包含更多插件的ImageJ） 个人感觉比普通的ImageJ好用
思路：统计几张图片中相同的ROI 即为共标细胞
但是可能会备悔与手数有一些偏差 我只是想定性 如果想要非核滚察常准确的结果可能不可以这样

这个时候细胞已经被打散，可以先计数一下

按图中勾选 size那里可以规定最小的细胞

这个表示有202个细胞

image j怎样计数transwell细胞数

材料与方法
1. 1
Matrigel：Becton Dickinson Compary, - 20 ℃保存；
Tanswell plate：Costar ,USA , # 3422 ,聚碳酯膜微孔直径为8μm；
苏木素染液，梯度乙醇，二甲粗轿苯溶液。
1.
2 趋化因子的制备 取传代第二天长势良好的NIH3T3细胞,无血清培养基轻柔漂洗两次; 加入无血清培养基,37℃,5 %CO2 培养24
h～48h，收集细胞培养上清；4 ℃,12 000rpm 离心,10 min ,取上清；0.22 μm 滤膜过滤除菌；分装,在- 20 ℃保存。
1. 3
transwell
培养板准备 所有操作均需无菌操作。-20℃保存的Matrigel 在冰上保2℃～8℃过夜融化。在冰上用预冷的枪头吸取100μl
Matrigel 加入冰预冷的300μl 无血清培养基中,充分混均。取上述稀释的Matrigel 25 μl 加入transwell
板上室,覆盖整个聚碳酯膜,37 ℃,30 min ,使Matrigel 聚合成胶。已铺好Matrigel的transwell
培养板置于37℃可保存2 周。
1. 4
Matrigel 侵袭实验(Matrigel Invasion
Assay)刺激后的各组细胞用PBS 漂洗3 次。衡团以常规方法用无血清培养基制备单细胞悬液,5 ×105个细胞/ ml
,每组细胞各分为两部分。胎盘兰拒染实验,细胞活力需大于95 %。Transwell 培养板上室加入100μl 细胞悬液( 5 ×104 个)
并加入无血清培养基200 ul 。Transwell 培养板下室加入500μl 趋化因子,37℃,5 %CO2 培养24
h。用湿棉签轻轻擦去Matrigel 凝胶和聚碳酯膜咐凳橘上表面的细胞。小心取出上室,用线拴住,并做好标记,用冰预冷的甲醇固定30
min。苏木素染色1 min。梯度乙醇脱水(80 % ,95 % ,100 %)
,二甲苯透明。小心将聚碳酯膜自上室基底切取下来,置载玻片上中性树脂封片。附着于聚碳酯膜下表面的细胞在高倍镜下( ×400) 随机取6 个视野[1
] 计数,取平均数。重复实验两次。