perl语言序列比对（perl中如何把所有的情况匹配出来并且把值取到）
本文目录
- perl中如何把所有的情况匹配出来并且把值取到
- 用Perl语言以及blast编程来完成下面三个问题比对序列，不知道怎么做，大神能提供一下思路吗
- perl程序提取数字和相应内容
- 根据blast结果，用perl或bioperl提取序列差异信息
- 问perl语言是怎么比较字符串大小的如fred gt free 得真值，是进行ASCII字码表的顺序来的吗
perl中如何把所有的情况匹配出来并且把值取到
你注意正则匹配的贪婪性，
$line=~ /*/;
要是不行就，$model=’a’.’b’;
$line=~ /*/;
最后print OUTFILE("$1\n");
@array=$1;
再用shift函数去上两次
或者for($i=0;$i《@array;$i++){ if($i》=2){$line2.=$array;}}
print OUTFILE ($line2);
我多年不看perl了 笨死了
或者直接@array=split(as,$line); 这样可以按你的自己需要从数组提取序列
希望对你有帮助，
给个感谢吧，顶一下了
用Perl语言以及blast编程来完成下面三个问题比对序列，不知道怎么做，大神能提供一下思路吗
这个和perl没有太大关系，难道要用bioperl？
如果不用bioperl，可以手动从数据库中下载AT1G17600.1蛋白质序列，然后一步一步的做下面的命令
perl程序提取数字和相应内容
对文件2做hash，如果文件过大，则hash会相当大，相当占内存，建议只对文件1做hash,然后读文件2，逐行比对。写个简单的供参考
open F1,"《file1"
or die"cannot open file1:$!";
open F2,"《file2"
or die"cannot open file2:$!";
open OUT,"》out"
or die"cannot open out:$!";
my %file1;
while(《F1》){
$file1{$1.’_’.$2}=1 if /(\d+)\s(\d+)/;#发现你有重复的，如果有特殊要求，则另改
}
my $gene;
while(《file2》){
if(/^rp/){
$gene=$_;
}else{
if(/E\d+\s(\d+)\s\w+\s+(\d+)\s+\d+/){
if($file1{$1.’_’.$2}){
print "$gene$_";
if($1《=20){
my $line=substr($_,(20-$1),21);#看了下，并不是每个都有20-40的位置
print "$line\n";
}else{
my $line=substr($_,0,(21-($1-20));
print "$line\n";
}
}
}
}
}
根据blast结果，用perl或bioperl提取序列差异信息
做序列差异分析，最好用全局比对，你可以先将query和subject的序列提取出来，然后用muscle或者clustalw去比对，然后再处理比对结果，至于后面的绘图等，有这方面的服务可以私信我，免费的话估计没有这闲人。
问perl语言是怎么比较字符串大小的如fred gt free 得真值，是进行ASCII字码表的顺序来的吗
大哥，你这题目有迷惑性啊。
perl的字符比较是按照ASCII码顺序比较的。
所以，’fred’ gt ’free’ 的值为 假！
因为 d 的ASCII码值小于 e。
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