gromacs好学吗（lammps与gromacs哪个好学）
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lammps与gromacs哪个好学
你可以用ms建模呀，然后转化为data文件，lammps就可以读入模型了，虽然是商业，你用ms建的模做的研究，发文章你说是lammps命令建的就行了，别人也不会知道。
gromacs中范德华力的计算包括疏水相互作用力吗
在一般的中学大学教科书中，分子间力通常只包括这两部分。但在专业研究领域和更深入的教科书中，还会遇到一些特殊的分子间力（范德华力的本质是分子偶极矩之间的相互作用，特殊作用力的起源比较复杂，不同结构起源不同），比方金属原子和炔烃分子间的特殊作用力，两个平行的相距不太远的芳香环之间存在特殊作用力，还有一些很弱的配位键可以看做分子间力，比如碘和淀粉之间的弱配位作用。
gromacs中可以导出原子坐标吗
可以的。
在上一篇我们讲了GROMACS的简介和安装，在这一篇中我们讲一下GROMACS的使用。GROMACS中含有精准且全的立场（尤其是氮是2），这使其被广泛用于生物模拟中，它不仅可以进行全原子模拟计算，还可以进行粗粒化计算。在这我们将分三个板块举例介绍GROMACS的
吏用：GROMACS的简单使用，GROMACS计算自由能、加电场体系以及非生物体系的使用，GROMACS用于Martjol立场粗粒化计算。GROMACS主生物的研究中较为专业，故针对GROMACS的使用以多肽与生物膜为例。在第一部分，先来细致的介绍一下GROMACS的基础应用。
首先我们先来了解一下GROMACS的输大输出文件：
要模拟一个体系必须有相应物质的构型，比如磷脂双分子层，蛋白质等。对于蛋白质，多肽等可以从蛋白质数据库中提索下载（网址
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d脂眼可以在Computational Molecular Biophysics Group中下哉(品t址httn/emh hio unl,ooettinoon dalcholmomhranoe html)·地外 在
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gromacs能模拟蛋白质和蛋白质相互作用吗
gromacs能模拟蛋白质和蛋白质相互作用
蛋白质相互作用的预测方法很非常多，以下作了简单的介绍
1) 系统发生谱
这个方法基于如下假定：功能相关的(functionally related)基因，在一组完全测序的基因组中预期同时存在或不存在，这种存在或不存在的模式(pattern)被称作系统发育谱；如果两个基因，它们的序列没有同源性，但它们的系统发育谱一致或相似．可以推断它们在功能上是相关的。
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2) 基因邻接
这个方法的依据是，在细菌基因组中，功能相关的基因紧密连锁地存在于一个特定区域，构成一个操纵子，这种基因之间的邻接关系，在物种演化过程种具有保守性，可以作为基因产物之间功能关系的指示。这个方法似乎只能适用于进化早期的结构简单的微生物。所以在人的蛋白质相互作用预测时不采用这个方法。
3) 基因融合事件
这个方法基于如下假定：由于在物种演化过程中发生了基因融合事件，一个物种的两个(或多个)相互作用的蛋白，在另一个物种中融合成为一条多肽链， 因而基因融合事件可以作为蛋白质功能相关或相互作用的指示。
4) 镜像树
这个方法的思想是，功能相关的蛋白质或同一个蛋白的域之间，受功能约束，其进化过程应该保持一致， 即呈现共进化(CO—evolution)特征，通过构建和比较它们的系统发育树，如果发现树的拓扑结构显示相似性，这种相似的树被称作镜像树，那么，可以推测建树基因的功能是相关的。
5) 突变关联
物理上相互接触的蛋白质， 比如处在同一个结构复合物中的蛋白质，其中一个蛋白质在进化过程中累计的残基变化，通过在另一个蛋白质中发生相应的变化予以补偿，这种现象被称作关联突变。
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